Chùa được xây dựng vào khoảng cuối thế kỷ 16, đầu thế kỷ 17 do các thương nhân Nhật Bản thực hiện.
Chùa Cầu là một di tích có kiến trúc khá đặc biệt. Mái chùa lợp ngói âm dương che kín cả cây cầu dài 12m. Chùa và cầu đều bằng gỗ sơn son chạm trổ rất công phu, mặt chùa quay về phía bờ sông. Hai đầu cầu có tượng thú bằng gỗ đứng chầu, một đầu là tượng chó, một đầu là tượng khỉ. Tương truyền đó là những con vật mà người Nhật sùng bái thờ tự từ cổ xưa. Phần gian chính giữa (gọi là chùa) thờ một tượng gỗ Bắc Đế Trấn Võ - vị thần bảo hộ xứ sở, ban niềm vui hạnh phúc cho con người, thể hiện khát vọng thiêng liêng mà con người muốn gửi gắm cùng trời đất nhằm cầu mong mọi điều tốt đẹp. Chùa được trùng tu vào các năm 1763, 1817, 1865, 1915, 1986
.