莫登庸（即莫太祖，1527─1529年在位）夺取黎氏帝位后，有鉴于长期以来“制度稍弛”，乃在兵制、田制、官制等方面作出调整，“仿各前朝官制，依例编补充之”。与此同时，中国明朝注意到莫氏代黎的政局发展，并有意恢复黎氏。于1533年（黎元和元年、莫大正四年）拥立黎昭宗少子黎维宁为帝，是为庄宗（1533─1548年在位），后黎朝恢复帝统。1543年（黎元和十一年、莫广和三年），黎氏攻取西都清化。后世将统治清化以南的黎氏朝廷称为南朝，统治山南以北的莫氏朝廷称为北朝，此一历史时期（1527─1592年）便被称为南北朝。

南北朝双方战事频繁，意在消灭对方。1559年（黎正治二年、莫光宝三年），郑检北伐，攻取多个地区，不料莫朝宗室将领莫敬典领兵直趋南朝首都清化，郑检见情况危急，唯有放弃占领区，回保清化。1570年（黎正治十三年、莫崇康五年），郑检去世，莫敬典领兵南下，郑检之子郑松指挥诸军抵抗，莫军不胜，粮尽而回。1573年至1583年年间，莫朝多次进攻南朝清化、乂安等地，但郑松致力坚守，莫军无功而回。因郑松威权日盛，南朝黎英宗皇帝（1556─1573年在位）企图铲除，但反被郑松所弑，改立黎维潭为新君（即世宗，1573─1599年在位），郑松继续掌权。1592年（黎光兴十五年、莫洪宁二年），郑松攻破北朝首都升龙（即河内），斩莫朝君主莫茂洽（1562─1592年在位），后黎朝迁回升龙以作国都，北方莫朝终结。其后，郑松扫荡莫氏残余势力，只有莫敬恭占据高平，并由于明朝干涉，后黎朝唯有让莫氏保有高平。